La Citadelle abrite derrière ses murailles, le Muséum d’Histoire Naturelle de Besançon.
Créé en 1943, installé à la Citadelle depuis 1959 à l’initiative du maire Jean Minjoz, considérablement enrichi depuis, le Muséum réunit nombre de collections naturalisées et surtout des collections variées d’insectes, de poissons, d’oiseaux et de mammifères présentés au sein de 4 espaces : un insectarium , un aquarium, un noctarium, et un jardin zoologique.
Derrière un ensemble de baies vitrées, on peut au plus près deux espèces de grands fauves parmi les plus menacés d’extinction : le tigre de Sibérie et le lion d’Asie.
De nombreux animaux étaient bien au chaud dans leur abri à cette époque de l'année (déc 2011).
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